Todos los métodos de aborto con medicamentos tienen un índice de falla asociado. Un aborto con medicamentos se considera que ha fallado si se requiere de aspiración. Las razones para la aspiración incluyen un sangrado prolongado y/o excesivo, un aborto incompleto (residuos de tejido fetal en el útero) o un embarazo que continúa.

Para los esquemas de mifepristona/misoprostol y metotrexate/misoprostol la continuación del embarazo ocurre en menos del 1% de los casos. Sin embargo, la intervención por aspiración (que implica que los medicamentos fallaron) se requiere en 2%-5% de las usuarias de mifepristona/misoprostol, aproximadamente en 5% de las usuarias de metotrexate/misoprostol, y aproximadamente en el 10%-35% de las usuarias del misoprostol-solo. Los índices de intervención por aspiración (para todos los métodos de aborto con medicamentos) aumentan a medida que se incrementa la edad gestacional.